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Métagénomique
[metaʒenɔmik]
Définitions de « métagénomique »
Métagénomique - Nom commun
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Discipline génétique dédiée à l'analyse et au séquençage exhaustif des génomes d'un ensemble d'espèces présentes dans un échantillon environnemental, permettant ainsi de caractériser la diversité et les interactions microbiennes.
Plutôt que d’étudier le génome – la « carte d’identité » génétique – d’un individu ou d’une espèce, la métagénomique permet de séquencer l’intégralité des génomes d’un groupe d’espèces – en l’occurrence, tous les insectes collectés dans une zone par l’intermédiaire d’un protocole standardisé.
Étymologie de « métagénomique »
Du métagénome, avec le suffixe -ique.Usage du mot « métagénomique »
Évolution historique de l’usage du mot « métagénomique » depuis 1800
Fréquence d'apparition du mot « métagénomique » dans le journal Le Monde depuis 1945
Source : Gallicagram. Créé par Benjamin Azoulay et Benoît de Courson, Gallicagram représente graphiquement l’évolution au cours du temps de la fréquence d’apparition d’un ou plusieurs syntagmes dans les corpus numérisés de Gallica et de beaucoup d’autres bibliothèques.
Citations contenant le mot « métagénomique »
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Les travaux récents de la littérature suggèrent qu’une dysbiose du microbiote intestinal pourrait contribuer au développement de pathologies neurodégénératives. De plus l’avancée des analyses bioinformatiques, de la métagénomique et du séquençage à haut débit, permettent aujourd’hui de mieux comprendre les processus physiopathologiques associés à ces pathologies et le rôle que le microbiome intestinal (y compris le virome) peut y jouer.
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L’équipe a utilisé une combinaison de séquençage complet du métagénome et de métagénomique fonctionnelle pour identifier les gènes connus et nouveaux qui codent pour la résistance aux antimicrobiens. Il existe des techniques génomiques plus traditionnelles qui vont rechercher des signatures génétiques distinctives d'agents pathogènes individuels. Mais ces tests ne peuvent identifier que des pathogènes déjà connus, alors que le séquençage métagénomique peut identifier tous les organismes présents dans un échantillon donné : les bonnes bactéries, les bactéries dangereuses et même de nouvelles bactéries.
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Les chercheurs ont également évalué les différences dans la fonction du microbiote intestinal en utilisant l’analyse métagénomique. Au lieu de caractériser le génome de chaque espèce de microorganisme, une analyse métagénomique consiste à identifier les gènes les plus abondants dans l’ensemble de la communauté de microorganismes qui constitue le microbiote intestinal. L’identification des gènes les plus abondants peut aider à prédire la fonction de l’ensemble du microbiome intestinal.
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L’originalité du projet est de faire appel à la génomique plutôt qu’aux analyses classiques de laboratoire d’isolement et de coculture des microorganismes. Il s’agit même précisément de métagénomique puisque l’on s’intéresse à tous les microorganismes présents dans les échantillons analysés. Une fois que les biologistes moléculaires et les bio-informaticiens ont inventorié les microorganismes, c’est au tour des statisticiens et des spécialistes de l’intelligence artificielle, aidés par les écologues, de mobiliser leurs connaissances pour reconstruire le réseau des différentes interactions entre microorganismes.
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